A Balaton az 1970-es évektől a jelentős közműolló (az ivóvízellátás és a csatornázás, illetve szennyvíztisztítás aránya közti különbség), a tömegturizmus és a vízgyűjtőn folytatott intenzív mezőgazdasági termelés okozta fokozott tápanyagterhelés miatt eutrofizálódott, rendszeressé váltak a nyári cianobaktérium-tömegprodukciók, melyeket a tápanyagokat hatékonyabban hasznosítani képes, invazív Cylindrospermopsis raciborskii megjelenése tett még nagyobbá. A romló vízminőség nyomán komplex intézkedési terv készült, mely többek között tartalmazta a tisztított szennyvizek bevezetésének megszüntetését, a Kis-Balaton tápanyag-visszatartást célzó rehabilitációját, valamint a foszforkicsapatás bevezetését a vízgyűjtő nagyvárosainak szennyvíztisztító telepein. Az intézkedéseknek köszönhetően a tó növényi tápanyagterhelése az 1990-es évek második felére megfeleződött. A vízminőség javulása ezt többéves késéssel követte, mivel a tó üledékében korábban felhalmozódott tápanyagkészlet belső terhelésként még eddig volt képes táplálni a nagy algacsúcsok kialakulását. Bár a C. raciborskii továbbra is produkált nyári biomasszacsúcsokat, ezek nagysága, tartóssága és rendszeressége jóval elmaradt a korábbiaktól. A vízminőség javulásának és a 2000–2003-as aszály miatt rekordalacsonyra csökkenő vízállásnak köszönhetően az eutrofizálódás kérdése kiszorult a legfontosabb kutatási és szabályozási kérdések köréből. A 2002–2003 között folyamatosan alacsony vízállás az előzetes várakozásokkal ellentétben nem okozott vízminőségi gondokat, sőt a csökkenő vízszint miatt újra természetközeli állapotba kerülő parti sávban a helyi élővilág rendkívül pozitív módon reagált.
Az elmúlt években a tó kulcskérdésének a vízszintszabályozás és az éghajlatváltozás tűnt. A turizmus fontossága miatt a 2002–2003-hoz hasonló alacsony vízállások elkerülése lett a legfontosabb cél, a vízminőséget illetően csak a meglévő kedvező állapotok fenntartása került szóba. 2018-ban a mederbeli tározás fokozása miatt véglegesítették a megemelt szabályozási szintet (nyáron 120 cm a siófoki vízmérce szerint). 2012 óta a csapadékmennyiség végig elégséges volt ahhoz, hogy a tényleges vízszint stabilan a szabályozási szint közelében maradjon, ami hosszú távon valószínűleg károsan hat a parti zóna vegetációjára, de a pontos következmények a változások lassú természete miatt még rendkívül bizonytalanok. A magas vízállás az elmúlt évtizedek adatai alapján nem befolyásolja közvetlenül a parttól távoli területek vízminőségét, tehát összességében az elmúlt évek helyzete nem fenyegetett súlyosabb vízminőségi problémával.

A Nemzeti Víztudományi Program közleményében az áll, hogy 2019 nyarán az algabiomassza mennyisége először az elmúlt évekhez hasonlóan alakult, majd augusztus végén hirtelen növekedésnek indult. A tavat már évtizedek óta monitorozó Ökológiai Kutatóközpont (ÖK, korábban MTA Ökológiai Kutatóközpont) Balatoni Limnológiai Intézetének mérései szerint mennyisége augusztus 26-án a Keszthelyi-medence közepén meghaladta a 100 mg/m3 klorofillkoncentrációt, amely közelítőleg az 1980-as évek átlagos állapotának felel meg. A szomszédos Szigligeti-medencében 66 mg/m3-t mértek, a tó középső és keleti területein pedig késleltetve és mérsékelten jelentkezett az algásodás. A tó nyíltvízi területein nincs folytonos mintavétel, így az esemény alakulását részletesen csak a Keszthelyi-medence parti sávjában rekonstruálhatjuk, ahol az MTA-BME Vízgazdálkodási Kutatócsoport 18 éve üzemeltet automatikus mérőállomást, mely napi felbontással mér számos vízminőségi és meteorológiai paramétert. Az augusztus 26-ai partközeli mérések szinte teljesen megegyeztek a nyíltvízi eredményekkel. Itt 2-3 nappal később a biomassza meghaladta a 300 mg/m3-t, amely az eddigi legmagasabb Balatonban mért érték (másfélszerese az 1982-ben, az eutrofizálódás csúcspontján megfigyelt tóközepi adatnak) és a tömegprodukció – mely élénkzöldre színezte a vizet – a helyiek beszámolói szerint nem korlátozódott a parti zónára vagy a Keszthelyi-medence egy kisebb részére. Az algatársulás egyedülálló módon kizárólag két teljesen eltérő igényű nyári fajból állt: a Ceratium hirundinella (fecskemoszat) az eutrofizálódást megelőző időszak jellemző nyári algája, míg az Aphanizomenon flos-aquae gyakran felszíni vízvirágzást okozó, a légköri nitrogén megkötésére képes cianobaktérium. A két faj aránya helyenként és időben is változott. A szeptember elején érkező hidegfront mind a nagy sűrűségű parti, mind a ritkább nyíltvízi mérések alapján véget vetett a tömegprodukciónak, de számos helyen még napokig fennmaradt a továbbszaporodásra ugyan már nem képes, de még mindig jelentős biomassza.
A vízminőségi mérések területileg és időben sem biztosítanak olyan felbontást, melyből a tömegprodukció teljes lefolyása és kiterjedése megállapítható lenne. A fajösszetétel alapján az egyetlen bizonyosság, hogy az algák nem kívülről érkeztek a tóba. Konzervatív becslés szerint (100 mg/m3 a Keszthelyi- és Szigligeti-medencére kiterjedve) az algacsúcs kialakulásához legalább annyi foszforra volt szükség, amennyit a tó legnagyobb befolyója, a Zala egy év alatt behoz. A Kis-Balatonon végzett napi rendszerességű vízminőségi mérések alapján rendkívül valószínűtlen, hogy a csúcsot megelőző hetekben érkező tápanyagpulzus okozta volna a tóban az algák ilyen jelentős elszaporodását, mivelhogy ilyet nem tapasztaltak. Az algákban megjelent tápanyag valószínű forrásának az üledékből érkező belső terhelés tűnik, azonban ezt az adott szituációban kiváltó okok jelenleg nem ismertek. A bizonytalanságok miatt nem tudjuk, hogy mekkora volt a vízminőségi probléma valós léptéke, valamint hogy egyszeri, illetve nagyon ritka extrém eseményt tapasztalhattunk-e, vagy olyan rejtve maradt trendszerű változások zajlottak a tóban, melyek rendszeresen okozhatnak ilyen alga-tömegprodukciókat.
Mindezek nyomán az ilyen események elkerülésének hatásos módja sem ismert még. Elővigyázatossági alapon egyedül a tápanyagterhelés további csökkentése javasolható, azonban kérdéses, hogy ha pl. a csúcsnak elsődlegesen meteorológiai vagy áramlástani oka volt, akkor ezzel belátható időn belül érzékelhető javulást lehetne-e elérni. Az eseményt övező bizonytalanság felhívja a figyelmet arra, hogy a Balaton kutatása napjainkban is szükséges, és számos alapvető kérdéskörben is vannak feldolgozatlan vagy hiányos témák. Három évvel ezelőtt a Nemzeti Víztudományi Program keretében a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem (és az MTA-BME Vízgazdálkodási Kutatócsoport), az MTA ÖK Balatoni Limnológiai Intézet és az Országos Meteorológiai Szolgálat multidiszciplináris csoportot és projekttervet állított össze a Balaton-kutatásra. A projekt hosszú távú finanszírozásának reményében készítettek is egy ígéretes, újszerű eredményeket hozó mintatanulmányt a kutatási programhoz, ajánlva benne a hidrometeorológiai, áramlástani, üledékvándorlási, mederváltozási, vízminőségi és ökológiai folyamatok komplex vizsgálatát a tó vízszintjének széles tartományára, beleértve a klímaváltozás hatásának becslését is, mindezt elsődlegesen egy kiegyensúlyozottan jó ökológiai állapotot biztosító új vízszintszabályozási rend tudományos megalapozására. A projekt végül finanszírozás hiányában nem indult el. Talán a mostani algainvázió kellő figyelmeztetés lesz a döntéshozóknak, hogy nem halogatható tovább a Balaton nagy múltú kutatásának az eddigieknél komplexebb, átfogó megújítása.